Hoenn. Quattro anni fa. E' appena caduto un meteorite, e con lui Deoxys, pokèmon crudele che vuole distruggere l'universo. Per fortuna a difendere la Terra e gli altri pianeti c'è il drago Rayguaza che colpisce Deoxys uccidendolo, nonostante possa rigenerarsi. E' questo il sogno che ha fatto Tooi, figlio del prof. Rondo, scienziato che intende scoprire di che materia è fatto Deoxys. Nel frattempo Ash e co. sono arrivati a LaRousse City, ovvero la città di Tooi, decisi a partecipare alla Torre Lotta. Proprio lì faranno la conoscienza del ragazzo, dove Ash combatterà al suo fianco in una lotta 2vs2. Purtroppo però il ragazzo non ha alcun pokèmon, quindi Ash gli presta il suo Torkoal, ma Tooi sembra incapace di impartirgli degli ordini, perdendo la battaglia. Ash rimane stupito dal comportamento e ottiene una spiegazione dal padre di Tooi, il prof.Rondo, che gli spiega che il figlio ha cominciato ad avere paura dei pokèmon quando assistette alla battaglia che proprio quella notte aveva sognato, tanto da non poter più parlare ad un pokèmon. Tooi nel frattempo scappa e va in uno strano posto, dove sembra dialogare con delle luci, alle quali spiega che lui vorrebbe interagire con i pokèmon, ma il suo corpo glielo impedisce. Dopo poco arriva Ash, ma non è l'unico, poichè a breve arriva il leggendario Deoxys e si para davanti ai due. Tooi è impaurito, ma all'improvviso arriva un Iperaggio, che però il pokèmon evita... l'attacco era di Rayguaza che sentito nuovamente il pericolo è accorso per salvare l'umanità. Il drago attacca ancora, ma Deoxys si trasforma nella sua forma difensiva e incassa il colpo, ma senza effetti... tutta l'universo è in pericolo e solo Ash, Tooi e tutti gli altri dovranno salvarlo! .